Задачей игрока является спасение мудоконов, которые находятся в рабстве на фабрике Глюкконов. Для прохождения игры не обязательно спасать мудоконов, но в этом случае концовка будет другой. Для спасения необходимо сказать встреченному мудокону, чтобы он следовал за вами.

Как в большинстве игр такого жанра, в E.E. нужно развиваться, повышать население, строить здания, уничтожать враждебные империи. Главной особенностью этой игры является то, что на всё это даётся 500,000 лет. Игра включает 14 эпох, начиная с доисторической и заканчивая в веке нанотехнологий.