Место действия игры – футуристический Токио, в котором Кен, протагонист Ninja Blade, сражается за права простых японских самураев. В отличие от Ninja Gaiden II, арсенал главного героя заполняют всего три оружия, между которыми можно переключаться в режиме реального времени: katana Souken и Taiken. За годы существования столица Японского государства не раз подвергалась нападениям недругов. Паразиты Carriers, способные превратить в зомби любое живое существо, притаились и ждут своего часа. Усмирять злобных гадов предстоит Кену и его верному клинку.